باکو میزبان بسیاری از دانشگاه ها، دانشکده ها و مدارس حرفه ای است. دانشگاه ایالتی باکو، اولین دانشگاه تاسیس شده در آذربایجان در سال 1919 توسط دولت جمهوری دموکراتیک آذربایجان افتتاح شد. در سالهای اولیه دوران شوروی، قیمت تور باکو باکو قبلا دارای آکادمی نفت آذربایجان، دانشگاه پزشکی آذربایجان و دانشگاه صنعتی دولتی آذربایجان بود. در دوره پس از جنگ جهانی دوم، چند دانشگاه دیگر مانند دانشگاه فنی آذربایجان، دانشگاه زبان آذربایجان و دانشگاه معماری و ساخت آذربایجان تاسیس شد. پس از سال 1991 که آذربایجان استقلال خود را از اتحاد جماهیر شوروی به دست آورد، سقوط کمونیسم منجر به توسعه تعدادی از نهادهای خصوصی از جمله دانشگاه قفقاز و دانشگاه خزر شد که در حال حاضر به عنوان معتبرترین موسسات آموزشی شناخته می شود. به غیر از دانشگاه خصوصی، دولت آکادمی مدیریت دولتی، آکادمی دیپلماتیک آذربایجان و آکادمی های مختلف نظامی تاسیس کرد. بزرگترین دانشگاه ها با توجه به تعداد دانشجویان دانشگاه دولتی باکو و دانشگاه اقتصادی دولتی آذربایجان است. علاوه بر این، آکادمی موسیقی باکو و کنسرواتوار ملی آذربایجان در باکو قیمت تور باکو در اوایل دهه 1920 تاسیس شده است. مهد کودک ها و مدارس ابتدایی (سال های 1 تا 11) به صورت عمومی اداره می شوند و بخش های محلی یا دفاتر شهری اداره می شوند.
آکادمی ملی علوم آذربایجان، مهمترین سازمان تحقیقاتی دولتی در آذربایجان نیز در باکو قرار دارد. علاوه بر این، باکو کتابخانه های متعددی دارد که بسیاری از آنها شامل مجموعه های گسترده ای از اسناد تاریخی از دوره های رومی، بیزانس، عثمانی و شوروی، و همچنین از تمدن های دیگر از گذشته است. مهمترین کتابخانه ها از لحاظ مجموعه سند تاریخی شامل موزه ادبیات آذربایجان غربی، کتابخانه ملی آذربایجان، کتابخانه مرکزی میرزا العقر، کتابخانه ساماد وورگین و کتابخانه ریاست جمهوری باکو است.